由於訴願決定後提出行政訴訟救濟時，若針對該訴願提出，依法究責對象（被告）只能是原系爭事件的處分機關（行政訴訟法第24條），對於辦理訴願的機關（例如，法制局代表市政府執行）無法究責。也因此，反正民眾若接著就該訴願提起訴訟，也只能以該訴願標的的原處分機關為追責對象，民眾似對訴願辦理機關無可奈何，容易造成訴願辦理機關未能遵守相關規定，而產生涉嫌違法辦理之爭議。
行政訴訟法第 24 條
「經訴願程序之行政訴訟，其被告為下列機關：
一、駁回訴願時之原處分機關。
二、撤銷或變更原處分時，為撤銷或變更之機關。」
所以，若要糾正這種現象，民眾必須以訴願辦理機關為究責對象才行！也才能讓訴願辦理機關有所警提！
建議的方式之一
民眾若對這類程序違失有異議，可根據訴願法第76條於行政訴訟中一併提出。此情況雖無法以訴願辦理機關為究責對象（不是被告），但法官若能審理而於判決書中還給正義，有助於訴願制度之公正運作。但，亦有個案中，法院未就程序爭議作實體論述，沒有處理。
民眾若認訴願決定前辦理訴願之程序違失嚴重（含閱卷問題），對訴願決定結果有不利的影響，則可主張於該訴願提起的訴訟中，一併提起「確認訴訟」，以訴願辦理單位為對象究責，確認該訴願決定無效。而若是訴願決定後救濟期關於閱卷等權益受到損害，則可獨立提出救濟，以訴願辦理機關為究責對象，經課予義務訴願，再經行政訴訟救濟。（訴願閱卷問題 參見 訴願閱卷相關規定 ）
確認訴訟
訴願決定屬行政處分性質，根據行政程序法第111條規定「行政處分有下列各款情形之一者，無效︰…七、其他具有重大明顯之瑕疵者。」同法第8條「行政行為，應以誠實信用之方法為之，並應保護人民正當合理之信賴。」故訴願辦理若違反訴願法第75條等規定，可訴求訴願決定無效。
依據訴願法第76條，於訴願決定提起的行政訴訟中一併提出，以訴願辦理機關為被告。（也就是，該訴訟告除原處分機關外，還有訴願辦理機關）
訴願法第76條「訴願人或參加人對受理訴願機關於訴願程序進行中所為之程序上處置不服者，應併同訴願決定提起行政訴訟。」
延伸閱讀 …行政訴訟
【公民監督聲明】本文著重於政府制度、行政程序與司法程序之評論。公務機關及各級承辦人員所經辦的公務，每位民眾都可能遇到；其是否依法行政，與大眾權益切身相關，盼望社會大眾共同監督。
我們希望什麼樣的社會，希望什麼樣的生活環境，必須我們大家一起盡一己之力去逐漸達成，絕對不是也絕對無法靠所謂的明君或包青天！
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